Tim yang berhak melaju ke babak 16 besar ini adalah dua tim teratas di klasemen akhir masing-masing grup. 16 klub tersebut akan terbagi ke dalam 4 grup. Sebaliknya, peringkat ke-7 dan 8 di masing-masing grup terdegradasi ke kompetisi amatir PSSI.
Khusus untuk grup 8, saat ini klasemen masih bersifat sementara. Pasalnya, masih ada beberapa pertandingan yang tidak terlaksana. LIGA masih menunggu Keputusan Komdis PSSI terkait kasus yang masih dalam proses persidangan. (Liga Indonesia)
Pembagian grup dan jadwal di Babak 16 Besar adalah sebagai berikut
Grup J : Pro Duta FC, Persikabo Kab. Bogor, PSCS Cilacap, PSIS Semarang
2 September
Pro Duta vs PSCS, Persikabo vs PSIS
6 September
PSCS vs Persikabo, PSIS vs Pro Duta
10 September
Persikabo vs Pro Duta, PSIS vs PSCS
16 September
Pro Duta vs Persikabo, PSCS vs PSIS
20 September
Persikabo vs PSCS, Pro Duta vs PSIS
24 September
PSCS vs Pro Duta, PSIS vs Persikabo
Grup K : PSPS Riau, PS Bangka, PSGC Ciamis, Persis Solo
2 September
PSPS vs PSGC, PS Bangka vs Persis
6 September
PSGC vs PS Bangka, Persis vs PSPS
10 September
PS Bangka vs PSPS, Persis vs PSGC
16 September
PSPS vs PS Bangka, PSGC vs Persis
20 September
PS Bangka vs PSGC, PSPS vs Persis
24 September
PSGC vs PSPS, Persis vs PS BAngka
Grup L : PSS Sleman, Martapura FC, Persewangi Banyuwangi, Persigubin Peg. Bintang
2 September
PSS vs Persewangi, Martapura FC vs Persigubin Peg. Bintang
6 September
Persewangi vs Martapura FC, Persigubin Peg. Bintang vs PSS
10 September
Martapura FC vs PSS, Persigubin Peg. Bintangvs Persewangi
16 September
PSS vs Martapura FC, Persewangi vs Persigubin Peg. Bintang
20 September
Martapura FC vs Persewangi, PSS vs Persigubin Peg. Bintang
24 September
Persewangi vs PSS, Persigubin Peg. Bintang vs Martapura FC
Grup M : Persinga Ngawi, Pusamania Borneo FC, Persebo Bondowoso, Persiwa Wamena
2 September
Persinga vs Persebo, Borneo FC vs Persiwa
6 September
Persebo vs Borneo FC, Persiwa vs Persinga
10 September
Borneo FC vs Persinga, Persiwa vs Persebo
16 September
Persinga vs Borneo FC, Persebo vs Persiwa
20 September
Borneo FC vs Persebo, Persinga vs Persiwa
24 September
Persebo vs Persinga, Persiwa vs Borneo FC
